入学に特別な資格は必要ありません。体験版を含めて全てのアカウントやバージョンで入学可能です。
航海者養成学校は、国籍・職業・レベルにかかわらず、初級学校のある街ならどこからでも始められます。
プレイヤーのレベルにかかわらず、初級学校から始まります。
新規キャラクターは、ギルドマスターに話しかけると学校に飛ばされ入校を奨められます。入学は必須ではないので、入学しなくても構いません。
なお、従来のチュートリアルは養成学校実装に伴い廃止されています。
スタート直後にすぐ入学する前にギルドでクエストを受けておくと転職に必要なアイテムを貰う事ができる為(スタート時の職に対応したギルドのみ)スキルに幅を持たせたい方は入学する前に転職してしまうのも手です。
初級学校の受付に行き、専攻科目を選択することで入学することが出来ます。
申し込みは１科目ずつですが、同時に２つ、３つの科目を専攻することができます。
費用は無料です。
養成学校に入学することでプレイヤーの国籍表示に若葉マークが付きます。
また、プレイヤーの称号として『訓練生』を名乗れるようになります。
休学をすると、訓練生の称号と若葉マークを失います。
再度入学すると、中断したところからクエストを再開できます。
入学、休学および他コースへの変更は、初級学校の受付でしかできません。
入学時に制服（耐久度100 正装度20 変装度10 防御力12）と制帽（耐久度100 正装度20 変装度10 防御力4）が支給され、『訓練生』の称号を名乗れるようになります。
制服と制帽は名声の低い初期の装備としてはかなり高性能です。制服と制帽は称号が『訓練生』の時しか装備できません。
（他の装備への変更は自由。称号『訓練生』を名乗らなくても講義は受けられます。）
制服・制帽は一度しか貰えないので無くさないように気をつけましょう。
（2009.4.28のアップデートで、制服・制帽は拿捕されても収奪されなくなりました。）
なお、称号システムの問題で訓練生も弟子を取ることが出来ますが、意味はありません。
また、講義を進めていくと様々な補助アイテムや寄宿舎(学生用アパルタメント・改築不可、訪問可能（※要状態設定、訪問許可にチェック）)がもらえます。
これらのアイテム、寄宿舎は無料もらえるので、始めたばかりのプレイヤーはかなりの恩恵を受けるでしょう。
寄宿舎は卒業後もアパルタメントを購入するまで使用できます。購入すると、寄宿舎に保管していた物品は自動的にアパルタメントに移動します。
(ただし、無料体験版及びオリジナル版アカウントは寄宿舎の利用はできません。)
また、どれかの中級課程を卒業すると、ヨーロッパ全域の入港許可をもらえます。各国イベントの進行にともなって入港許可をもらう場合や名声のみでもらう場合と比べて、かなり簡単です。（注１）
講義クエストで得られる経験値と名声は、名声やスキルランクの低い初期に受けられる各ギルドのクエストと比べて格段に多くなっています。このため、キャラクターの成長速度は、入学した場合としない場合とではかなりの差が出ます。
このように、航海者養成学校は、資金力や名声やレベルの低さから行動範囲やできるクエスト、乗れる船などが限られる初期にはありがたい特典が多く、初期の苦労を早く乗り越えて活動の幅を広げたいプレイヤーにとっては、有利な制度と言えます。
（ただし、レベルアップ自体は早いもののお金はほとんど貯まらないので次の船に乗り換えられないという問題も発生します）
航海者養成学校内にいる冒険・商業・海事の各課程教官から通常のクエストと同様の形で講義を受けることができます。
各課程教官は、冒険は正面、商業は左手、海事は右手にいます。（全ての学校で共通）
講義はクエストと同じ扱いとなっていますので、複数の講義クエストは同時に受けられません。
講義クエストだけでなく、ギルドのクエストや勅命も同時に請け負えません。
講義内容は初級・中級・上級と分かれていて、全課程共通の基礎知識と、各職業系統に必要な基礎知識から細かいルールまでを、説明と実地訓練を通して学んでいきます。
3系統全ての講義を混ぜて受けることも可能で、複数の課程を並行して進めることも1課程を集中的に受けることもできます。
講義クエストで得られる経験値や名声は、通常のクエストに比べるとかなり高めです。
なお、入学時のレベルや名声に関係なく、講義は全て初級から始まります。飛び級は出来ません。
訓練生専用のチャットチャンネルのこと。
商会チャットと同じで、一般のチャットルームのような、開設や、加入の申請・許可が必要ありません。
チャンネルは常時開かれており、各職業の最大レベルが30未満の訓練生は、入学時やログイン時に自動的に参加します。
人数が100名が3室の300人までなので、定員オーバーの場合は入れません。
チャットルーム参加時は、人数のより少ないチャンネルが自動的に選ばれてそちらへ参加することになります。
参加者は、参加順にクラス名簿に登録され、名前・レベル・職業・居場所を見ることができます。
手動で加入するには、いずれかの学校へ行き、いずれかの教官からクラス名簿を開いて、参加ボタンを押す必要があります。
その時の課程や級にかかわらず、全ての学校から参加できます。コミュニケーションボタンで見られるクラス名簿からは参加できません。
退室は、コミュニケーションボタンもしくは各学校の各教官から閲覧できるクラス名簿のボタンでいつでも可能です。
※スクールチャットに所属するとその鯖全員に「私はこの海域にいます」と教えながら航海してるようなものなので危険海域等ではPC海賊(または賞金首狙いのPC)に襲われやすくなります。
プライベートの知人以外遮断にしてもクラス名簿から居場所がわかるので襲われたくない場合はスクールチャットから出るのも一つの方法です。
各課程の講義（クエスト）を全て終えると卒業になります。
※注１:初級・中級課程卒業で貰える入港許可は、正規の入港許可と違って該当地域のクエストが受けられないことがあります。（シナリオイベントを進めるか、名声を入港許可の出るところまで高めると受けられるようになります。）
航海者養成学校の実装と同時に、6国の本拠地からピサへの定期便が就航しました。
| 出発港 | 到着港 | 出発時刻 | 所要時間 | 料金 | 船名 | 備考 |
| 出発港 | 到着港 | 出発時刻 | 所要時間 | 料金 | 船名 | 備考 |
| サグレス | セビリア | 毎時00分／30分 | 5分 | 5,000 | サンタ・イネス号 | |
| サグレス | リスボン | 5分 | 5,000 | サンタ・ジュリア号 | ||
| サグレス | ヴェネツィア | 5分 | 5,000 | サンタ・ルイス号 | ||
| サグレス | マルセイユ | 5分 | 5,000 | サンタ・ラリ号 | ||
| サグレス | アムステルダム | 5分 | 5,000 | サンタ・エレナ号 | ||
| サグレス | ロンドン | 5分 | 5,000 | サンタ・ディアナ号 | ||
| セビリア | サグレス | 毎時00分／30分 | 5分 | 5,000 | サンタ・イネス号 | |
| リスボン | サグレス | 5分 | 5,000 | サンタ・ジュリア号 | ||
| ヴェネツィア | サグレス | 5分 | 5,000 | サンタ・ルイス号 | ||
| マルセイユ | サグレス | 5分 | 5,000 | サンタ・ラリ号 | ||
| アムステルダム | サグレス | 5分 | 5,000 | サンタ・エレナ号 | ||
| ロンドン | サグレス | 5分 | 5,000 | サンタ・ディアナ号 |
| 出発港 | 到着港 | 出発時刻 | 所要時間 | 料金 | 船名 | 備考 |
| 出発港 | 到着港 | 出発時刻 | 所要時間 | 料金 | 船名 | 備考 |
| ピサ | セビリア | 毎偶数正時 | 10分 | 28,000 | ウェヌス号 | |
| ピサ | リスボン | 毎偶数正時 | 10分 | 32,000 | ミネルヴァ号 | |
| ピサ | ヴェネツィア | 毎偶数正時 | 10分 | 30,000 | ディアナ号 | |
| ピサ | マルセイユ | 毎偶数正時 | 5分 | 7,000 | フロラ号 | |
| ピサ | アムステルダム | 毎偶数正時 | 15分 | 65,000 | アウロラ号 | |
| ピサ | ロンドン | 毎偶数正時 | 15分 | 63,000 | ケレス号 | |
| セビリア | ピサ | 毎奇数正時 | 10分 | 28,000 | ウェヌス号 | |
| リスボン | ピサ | 毎奇数正時 | 10分 | 32,000 | ミネルヴァ号 | |
| ヴェネツィア | ピサ | 毎奇数正時 | 10分 | 30,000 | ディアナ号 | |
| マルセイユ | ピサ | 毎奇数正時 | 5分 | 7,000 | フロラ号 | |
| アムステルダム | ピサ | 毎奇数正時 | 15分 | 65,000 | アウロラ号 | |
| ロンドン | ピサ | 毎奇数正時 | 15分 | 63,000 | ケレス号 |