ストーリーイベントとクエストが融合した形の新しいシステムを用いて、個性豊かな新キャラクターたちと航海者(プレイヤー)がストーリーを織り成していくのが“エピソード”です。
| クエスト名 | 請負街 | ギルド | 備考 |
| 帝都を覆う影 | サントドミンゴ | 商人 | |
| 儚きものへの想い | ポルトベロ | 冒険 | 「帝都を覆う影」の続き |
| 神となった男 | ポルトベロ | 冒険 | 「儚きものへの想い」の続き |
| それぞれの動向 | ポルトベロ | 冒険 | 「神となった男」の続き |
| コルテスという男 | ポルトベロ | 商人 | 「それぞれの動向」の続き |
| ある娘の歩んできた道 | ポルトベロ | 冒険 | 「それぞれの動向」の続き |
| アステカという存在 | ポルトベロ | 商人 | 「それぞれの動向」の続き |
| 朋友 | ポルトベロ | 商人 | 「それぞれの動向」の続き |
| 傀儡の反逆 | ポルトベロ | 海事 | 「それぞれの動向」の続き |
| キューバ総督の依頼 | サントドミンゴ | 海事 | 「傀儡の反逆」の続き |
| 悲しき夜 | サントドミンゴ | 海事 | 称号「オセロメー」獲得 「キューバ総督の依頼」の続き |
| 陽はまた昇る | サントドミンゴ | 海事 | 「悲しき夜」の続き 装備品「ジャガー戦士の衣」獲得 |
| 贖罪 | サントドミンゴ | 冒険 | 「陽はまた昇る」の続き 前提冒険クエスト「探し人はいずこ」 |
| クエスト名 | 請負街 | ギルド | 備考 |
| ジャガー保護作戦 | ポルトベロ | 冒険 | 「陽はまた昇る」の続き 前提冒険クエスト「一撃！」 ジャガーの皮3つ獲得 |
| ジャガー保護作戦 | ポルトベロ | 海事 | 「陽はまた昇る」の続き ジャガーの皮5つ獲得 |
| ジャガー保護作戦 | ポルトベロ | 商人 | 「陽はまた昇る」の続き ジャガーの皮2つ獲得 |
| クエスト名 | 請負街 | ギルド | 備考 |
| 栄華の翳り | ジャカルタ | 商人 | |
| 疑惑の祝宴 | ジャカルタ | 海事 | 「栄華の翳り」の続き |
| ぬぐいきれぬ疑念 | カリカット | 商人 | 「栄華の翳り」の続き |
| 宰相の依頼 | ジャカルタ | 商人 | 「栄華の翳り」の続き |
| 伝国の名著 | ジャカルタ | 冒険 | 「栄華の翳り」の続き 財宝「ナーガラクルターガマ」発見 |
| 手を伸ばせど届かぬ背 | ジャカルタ | 冒険 | 「疑惑の祝宴」「伝国の名著」の続き |
| クエスト名 | 請負街 | ギルド | 備考 |
| 偽りの聖女 | リオデジャネイロ | 商人 | すべての職のエピソードはここから始まる |
| クエスト名 | 請負街 | ギルド | 備考 |
| 新開拓団の窮状 | リマ | 商人 | ハム・ソーセージ・ベーコン各100必要（分納不可） 1M払ってトゥンバガ200獲得 報酬に大型上納品１個 ★調理スキルがないと厳しい |
| エルドラドを求めて | リマ | 商人 | 魚肉100(パナマに有り)必要 |
| 黄金郷 | リマ | 商人 | アワイヨ1必要（交易品の織物： リマかランバイェケで購入可能） |
| 真のエルドラド | リマ | 商人 | |
| キープ・カマヨック | リマ | 商人 | 称号「キープ･カマヨック」獲得 「真のエルドラド」クリア後に提示 他の職業エピで称号を得ていると出せない もらえる服は職業毎に異なる 紹介では受けられます |
| クエスト名 | 請負街 | ギルド | 備考 |
| 凶兆の伝達者 | リオデジャネイロ | 冒険 | 「偽りの聖女」の続き |
| ソニュカサパ | ポルトベロ | 冒険 | 「凶兆の伝達者」の続き |
| 責任と選択 | ポルトベロ | 冒険 | 「ソニュカサパ」の続き |
| 女神の魂 | リオデジャネイロ | 冒険 | 「責任と選択」の続き |
| キープ・カマヨック | リマ | 冒険 | 称号「キープ･カマヨック」獲得 「女神の魂」クリア後に提示 他の職業エピで称号を得ていると出せない もらえる服は職業毎に異なる 紹介では受けられます |
| クエスト名 | 請負街 | ギルド | 備考 |
| 不審船討伐 | リマ | 海事 | 「偽りの聖女」の続き |
| チンボラソの戦い | リマ | 海事 | 「不審船討伐」の続き |
| カハマルカの戦い | リマ | 海事 | 「チンボラソの戦い」の続き |
| ペルー沖決戦 | リマ | 海事 | 「カハマルカの戦い」の続き |
| キープ・カマヨック | リマ | 海事 | 称号「キープ･カマヨック」獲得 「ペルー沖決戦」クリア後に提示 他の職業エピで称号を得ていると出せない もらえる服は職業毎に異なる 紹介では受けられます |
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| クエスト名 | 請負街 | ギルド | 備考 |
| 栄華の糸口 | リマ | 商人 | 「真のエルドラド」の続き 鉄鉱石100&金属練成の書が必要 最高級アワイヨ１つ獲得 |
| 残り生きる者たちへ | リマ | 商人 | 「真のエルドラド」「ペルー沖決戦」の続き 最高級アワイヨ２つ獲得 |
| いつも二人で | リマ | 冒険 | 「女神の魂」の続き 最高級アワイヨ１つ獲得 |
| 黄金の筏 | リマ | 冒険 | 「真のエルドラド」「女神の魂」の続き 最高級アワイヨ２つ獲得 |
| 離脱部隊の計画 | リマ | 海事 | 「ペルー沖決戦」の続き 最高級アワイヨ１つ獲得 |
| コンキスタドール・ピサロ | リマ | 海事 | 「女神の魂」「ペルー沖決戦」の続き ピサロ15隻沈める 最高級アワイヨ２つ獲得 |
| アンデスの呼び声 | リマ | 海事 | 「真のエルドラド」「女神の魂」「ペルー沖決戦」後に出現 インカ戦士10隻x2 最高級アワイヨ３つ獲得 |
| クエスト名 | 請負街 | ギルド | 備考 |
| ロシアの都の納品依頼 | ストックホルム | 商人 | 体験版不可、よって体験版ではサンクトペテルブルクの町中に入れない。 |
| 白夜に揺れる徒花 | ストックホルム | 冒険者 | バルト海海域、未調査でも発生。ただし後続には海域調査必須。 |
| 手鏡の行方 | ストックホルム | 商人 | |
| 護衛兵の心配 | ストックホルム | 商人 | |
| 納品依頼、再び | ストックホルム | 商人 | 大富豪転職証 事業拡大許可証 獲得 |
| クエスト名 | 請負街 | ギルド | 備考 |
| ポートロイヤルからの依頼 | サントドミンゴ | 海事 | |
| 総督の計画 | サントドミンゴ | 海事 | |
| 金密輸船襲撃計画 | サントドミンゴ | 海事 | |
| 海賊が生きる世界 | ロンドン | 海事 | 大提督 転職状｢栄典授与推薦状｣獲得 |
| クエスト名 | 請負街 | ギルド | 備考 |
| 密かなる護衛の依頼 | アムステルダム | 海事 | |
| アトランティスをめぐる思惑 | ポルトベロ | 海事 |
| クエスト名 | 請負街 | ギルド | 備考 |
| 見通す者、導く者 | ロンドン | 冒険 | 前提：約束がくれた未来（ザナドゥ発見） 前提：清らかな世界の希求 |
| 知る資格とその覚悟 | ロンドン | 冒険 | 前提：見通す者、導く者 前提：アクロポリス |
| 可能性の世界 | ロンドン | 冒険 | 前提：知る資格とその覚悟 前提：アクロポリス |
| クエスト名 | 請負街 | ギルド | 備考 |
| さらなる新天地を求めて | マルセイユ | 冒険 | |
| サンフランシスコでの日々 | マルセイユ | 冒険 | |
| 奔走する開拓団長 | マルセイユ | 交易 | 要ハム60樽・アムステルダムで購入可 |
| 走り書きの依頼状 | サントドミンゴ | 冒険 | 服飾品「レザーバングル」獲得 鉱石取引+2 工業品取引+1 |
| クエスト名 | 請負街 | ギルド | 備考 |
| 傷ついた愛馬 | ロンドン | 商人 | ペットクエスト |
| ゴールドラッシュの実態 | マルセイユ | 商人 | |
| ゴールドラッシュにまつわる商売 | マルセイユ | 商人 |
| クエスト名 | 請負街 | ギルド | 備考 |
| 伝説の王の地 | ロンドン | 冒険 | 前提クエスト「約束がくれた未来」 |
| 伝説の王の地 | アムステルダム | 冒険 | 前提クエスト？「伝説との出会い」 |
| 伝説の王の地 | ストックホルム | 冒険 | 前提クエスト無し |
| エジプトとアトランティス | ロンドン | 冒険 | |
| アトラスの海での邂逅 | ロンドン | 冒険 | 海事戦闘あり |
| 清らかな世界の希求 | アムステルダム | 冒険 |
| クエスト名 | 請負街 | ギルド | 備考 |
| 見通す者、導く者 | ロンドン | 冒険 | 前提：約束がくれた未来（ザナドゥ発見） 前提：清らかな世界の希求 |
| 知る資格とその覚悟 | ロンドン | 冒険 | 前提：見通す者、導く者 前提：アクロポリス |
| 可能性の世界 | ロンドン | 冒険 | 前提：知る資格とその覚悟 前提：アクロポリス |
| クエスト名 | 請負街 | ギルド | 備考 |
| とある商人の危惧 | アテネ | 交易 | 前提：伝説の王の地 |
| 殿様と商人 | リスボン | 交易 | 前提：とある商人の危惧 前提：清らかな世界の希求 |
| 思い立ったが吉日 | 堺 | 交易 | 前提：殿様と商人 前提：アクロポリス |
| 商人が繋ぐもの | 堺 | 交易 | 前提：思い立ったが吉日 |
| クエスト名 | 請負街 | ギルド | 備考 |
| 荒れるカリブ海 | セビリア | 海事 | 前提：清らかな世界の希求 |
| 密かなる護衛の依頼 | アムステルダム | 海事 | 前提：海賊が生きる世界 前提：荒れるカリブ海 |
| アトランティスをめぐる思惑 | ポルトベロ | 海事 | 前提：密かなる護衛の依頼 前提：アクロポリス |
| クエスト名 | 請負街 | ギルド | 備考 |
| 学校の噂 | リスボン | 冒険 | |
| ジョゼの身の上 | リスボン | 冒険 | |
| 幼馴染 | リスボン | 冒険 | |
| 王族船沈没事件の真相 | リスボン | 冒険 | 財宝鑑定R3探索R1必要、体験版不可 |
| 内密の依頼 | リスボン | 冒険 | |
| 挑戦 | リスボン | 冒険 | |
| 朧げな希望の灯 | リスボン | 冒険 | |
| 順風 | リスボン | 冒険 | |
| 逆風 | サンジョルジュ | 冒険 | |
| 振り切って前へ | リスボン | 冒険 | |
| 疑心 | リスボン | 冒険 | 振り切って前へのほかに王族船沈没事件の真相も前提 |
| 妨害 | ザンジバル | 冒険 | イニャンバネ→サグレス |
| 霧の中 | リスボン | 冒険 | |
| 霧を裂く光 | リスボン | 冒険 | |
| 荒波に立ち向かう者たち | リスボン | 冒険 | ザンジバル→カリカット→サグレス |
| 海を往く者に栄誉を | リスボン | 冒険 |
| クエスト名 | 請負街 | ギルド | 備考 |
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